Assalamualikum..
Yuks belajar PYMOL..
Studi mengenai kompleksitas struktur makromolekul tidak
terlepas dari peran program pemodelan dan visualisasi. Proses visualisasi
merupakan salah satu cara untuk memahami lebih mendalam tentang dunia biologi
molekular. Saat ini telah banyak perangkat lunak yang dikembangkan untuk
keperluan visualisasi struktur ataupun untuk menganalisis hasil simulasi MD
mulai dari program yang berbayar sampai program yang bersifat open source atau
gratis. Program visualisasi yang saat ini banyak digunakan diantaranya PyMOL
(DeLano WL 2002), VMD (Virtual Molecular Dynamics), Rasmol, Jmol, OpenMol dan Deepviewer.
Kebutuhan program visualisasi bagi studi biologi
molekular ataupun MD dapat dilihat dari berbagai aspek. Perangkat lunak
visualisasi dibutuhkan untuk beberapa hal, diantaranya untuk memvisual.
PyMOL sebagai program visualisasi grafis molekular dapat
digunakan untuk bebebrapa hal, antara lain untuk membaca basis data protein PDB
(Protein Data Bank), menampilkan struktur 3D makromolekul dengan berbagai
representasi bentuk, visualisasi hasil kristalografi, menyeleksi dan mengedit
bagian tertentu pada molekul, menampilkan proses trajektori hasil stimulasi MD,
membuat file animasi dan analisis molekular lainnya, seperti visualisasi warna
b-factor, penyejajaran makromolekul, menghitung jumlah ikatan hidrogen,
menampilkan sekuens protein dan kalkulasi struktur sekunder (DeLano WL 2002).
Semoga bermanfaat ^^
Semoga bermanfaat ^^
Tidak ada komentar:
Posting Komentar